alu要我做blog

Hi, 先跟大家打个招呼，我老闭关久矣。

自从要写manuscript，我就陷入焦虑的状态，家务做得特别多，实验做得特别勤，就是不要写文章，终于拖拖拉拉这周差不多基本搞定了，下学期眼看也快开始了，我怎么看也没时间去lulu那儿了—_—我就是个说话不算数的人啊。

老板生小孩一直在家做月子，我假借要写东西在家窝了快一个星期，然后重新回来做实验，看着什么都晶莹剔透，明亮干净整齐。《年青的时候》里那个学医的男孩子说为什么要学医，“一半也是因为医生的器械一概都是崭新烁亮，一件一件从皮包里拿出来，冰凉的金属品，小巧的，全能的”。我觉得也很适用于我为什么还挺热爱做实验的。

这跟另一个我一直想讨论的话题一样。“现代科学是这十分不全的世界上唯一的无可訾议的好东西。”小时候我曾经很爱看科幻，幻想未来世界，一切都有秩序，机器控制，排除因人而起的纷争。世界是井井有条的，我们被装进去就好了。长大后终于自发教育的不反人类了，虽然还是有点反社会。阿西莫夫的机器人系列（经典就是经典阿）对这些有很好的阐述，虽然我不太认同他对心理学过分的看重。

可是也因为我还挺热爱科学的，做现在这些偏应用的东西就不由得有点不甘。明明这个世界上有些人在做一些很前沿貌似很有意义的事情啊……

某天我问labmate小胖同学SOC为什么叫SOC涅？小胖说人名吧，LB就是发明人的名字，嗯，很说得过去，于是我google打算confirm一下，结果。。。不光SOC不是人名，就连LB……发明人在2004自己的paper postnote里辟谣拉：
The acronym has been variously interpreted, perhaps flatteringly, but incorrectly, as Luria broth, Lennox broth, or Luria Bertani medium. For the historical record, the abbreviation LB was intended to stand for "lysogeny broth."

然后SOB, SOC呢，其实就是"Super Optimal Broth"。
SOC had the 'B' in SOB changed to 'C' , for catobolite repression, reflective of the added glucose. Of course play on words, a bit of fun in the naming.

有意思的是这段解释是一个geek写信给发明人问到的，我当时第一反应是他老人家还活着？不过你看LB的发明人也活着嘛，可见现代生物学是多么年轻啊，发展的是多么快啊，啾啾啾啾

原文可见
http://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/10626.html

已经是上个星期的事了，第二批老鼠不是我负责的，但是取新生老鼠器官的时候人手不够，我就去帮忙。

小老鼠粉红粉红，这个我上次接生已经很习惯了，像我这么冷血的人一直心里也没什么舍不得的。没想到，还是有些不一样……

新生的老鼠需要氧气少，生命力相当顽强，二氧化碳窒息的时候大老鼠一分钟足够了，小老鼠却要五六分钟，而且即使拿出来的时候不动了，因为小我们不去头直接剖腹， 这时候几乎每次它们都会抽搐也不知道是没死透还是肌肉收缩反应，我们又赶时间，有时候真的就是知道它们是活着的|||
取肌肉的时候和中间骨头非常难分辨，骨头也是透明的软软的

最郁闷的是最后CO2没有了还没杀完，只好狠狠心把头剪掉，大鼠是用铡刀，所以手上不会有感觉，这次直接用剪刀，唉，真是不爽阿；最后不用的老鼠是要sacrifice的，因为没CO2了，只好直接放进了-70的冰箱，黑线阿黑线阿，再次打开冰箱清理尸体的时候我觉得我就是杀人狂魔= =

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终于又应付掉了一次考试，在下雨在下雨，这里比北京气候好的地方就是并不干，冬天也打雷，春天也打雷，夏天也打雷，秋天没印象了~~~

坐车回家，天色已黑，朦胧的雨雾里有人家的灯光；要不是草地过于平坦整洁，也不是不像我乡下的老家的。

以前每次坐车下乡的时候我都觉得很美，大河，小渠，芦苇荡，尤其是很早以前几乎还都是穷苦的草房子，掩在屋前屋后婀娜的树里，当然这纯粹是yy，一旦下了车进了门就什么美感都没了。

两天半128只，结束了！

两周后又是一个新的动物trial，I am going to be busy forever.

下午lunch break之后等其他人到surgery room的无聊时间里，我们剪纸为乐，我摸索出怎么剪双喜哎~~~

估计这里以后会很荒芜，大家还是不要抱期望了== 

我说过我是盲目热衷Ockham's Razor的，但这个特征在生物上却大多不能成立，过于复杂的网络，永远都有例外，“天地之大, 赫瑞修, 比你所能梦想到的多出更多” 。所以从前我很不喜欢做这些detail的东西，而是希望做宏观的网络调控什么的，做进去才发现在现有的阶段我们就是只能从个体入手，而且有没有一个所谓的类似物理里面大家追求的统一场的存在也很成问题。

最近又（为什么是又）有人说我外表冷漠，内心也冷漠，这说明我敷衍的工夫还不到家阿——大多数时候我还是很随和的亚，只有忙的时候懒得敷衍，而且一定让人看出来免得再jjww。

我是最不擅长写文章的，更何况用英语，这两天写一个作业的proposal郁闷到什么程度呢，我都去看时尚资讯了。。。其实漂亮的衣服我不是不喜欢（没人不喜欢吧|||），可是从商店里挑出这些漂亮衣服的过程却太让人痛苦了，罢了罢了
之所以看衣服也是受了刺激，又被人说我穿着太中性了，这已经很委婉地没有说难看吧。

路边有一种很矮的行道树变成非常纯正的红色，很漂亮，车转到library旁边同样的树却几乎还没转红，真有意思，就好像green街上的银杏执著的不变黄呢

外二则——生活中的无聊的思考

头大与枕头：我那天在想，为什么我睡觉不一定要枕头，推测原因是我的头和肩宽的比例比较大，这样不用枕头也不会觉得难受

epigenetics：简单的说就是不改变DNA序列的遗传，于是那天我们在实验室就发挥开了，现在对love的解释都是说化学递质的分泌，一般不超过几个月什么的，那怎么解释长期的存在呢，我们认为当人脑受到刺激的时候会对DNA进行修饰而不是单纯的转录调控，这种修饰可以last a long time，而且也是reversible的——我知道我很变态拉。

鉴于困扰了我几天的一个问题终于得到解决，打算把它记下来，并加衍生。

 
这是出现在RNA inferenc第一页的图，老师屡次提及我也没听明白，回来翻了半天古希腊罗马文艺复兴雕像也么看到，终于终于在alu同学带来的好运气下查到了，是Jason with the golden fleece by Danish artist Bertel Thorvaldsen (1770-1844) ，属于Neo-Classical Art。
于是我明白了为什么 RNAi关键的蛋白叫Argonaute。

植物这一章很逗阿，一对epiallele：SUPERMAN/clark kent。

跟动物相反，default off，由MEDEA（就是刚刚那位Jason的妻子）控制，然后需要的时候由DEMETER（greek goddess of harvest）去甲基化。
VS.

我非常敬业地给大家找来了的形象先学习一下。

今天早上我们group总共两位同学手里提着三个罐罐一个大package，怀里抱着ice box，坐advisor的车车到坐落在学校东南角鸟语花香深受猫猫狗狗欢迎的Veternary Medicine College内部七重门锁把守的Necroscopy Room玩耍。

时间定在10：00，我们一如既往地早到了，collaborate lab一如既往地迟到了。这里的鼠鼠享受的是法国大革命的待遇，明显还是要比以前在国内实验室刽子手行刑的待遇人道些。然后一只老鼠，one person took the brain first, another one took the membrane next, another took the uterus, another took the bone, we took the colon. 我8由得感慨这位鼠大婶您死的真值啊，可以瞑目拉。。。

然后我开始感慨为虾米我们做colon cancer啊，做个liver，lung的多好，花花绿绿的肠子都是shit啊，鉴于这些老鼠崇高的奉献精神，这还都是holy shit啊；分工的时候我负责discending part，我真不是故意的，这部分明显shit比较成型，比ascending part好多了，所以我的work bench上都是颗粒状的shit，labmate的work bench上都是糊状的shit@@，我们是不是该唱歌：每只老鼠都有眼睛鼻子，它便不便秘，分差还是很大滴

上一次做这种非小型哺乳动物解剖实验可以追溯到大一动物实验那只划伤我手臂的兔子了（是的，我一直像祥林嫂那样记着那只兔子>_<），后来的都是小case，优雅得把mice扯断然后再扯些liver之类的。君子远庖厨久矣。

果然是不能随便夸自己的，今天我得到了专业的确实的结论，我的某个细胞系是污染的，另一个建议也重做；这就意味着我之前两个月的工作至少1/3是无效的，或者2/3，反正现在全部换掉，怎么样都是要重做了。

虽然错误并不在我，可是最终是作用到我这儿的，也只能无语了。。。 

我写这个会不会很欠扁，就是我现在做的这个所谓系统生物学的东西，其实怎么定义怎么做现在都是浑水一片，我无数次的觉得真该一门心思做神经药理，不光将来又有钱又好找工作，而且做paper的时候目标坚定方向明确反正做就是了，不会像我现在这样换个方向跟玩似的，做理论的人一天能变三个主意，我还得忧心忡忡地为我将来想，这几年我能学会做简单的理论吗，我将来能独立吗！！

可是真的说换又舍不得，不光是已经耗上的时间精力，还有就是莫名的理想主义，妄图找出general rule的动力。

我从前的师父是个很有意思的人，他写review，做pp特别爱用名人名言哈的，这次新写的又用上了，

"人类的智力不能掌握着一切整体现象之起因，但是企望发现这些起因的需求却萦怀在人类的灵魂之中。人的智能还不能查验得出来各种现象的繁复情形，首先抓住第一项近似于起因的事物，立时叫说：'起因在此！'"
－托尔斯泰《战争与和平》

发信人: villajolla (伊甸园), 信区: Science
标  题: The Future of Physics(转载)
发信站: 北大未名站 (2005年02月27日23:32:11 星期天), 转信

【 以下文字转载自 Physics 讨论区 】
【 原文由 skydreamer 所发表 】


25 important questions which might guide the progress of physics in the
future 25 years, listed by 2004 Physics Nobelist
on the speech titled'The Future of Physics":
1)Origin of the Universe. How did the universe begin?
2)Nature of Dark Matter. How does it interact with ordinary matter?
3)What is the Nature of the Dark Energy?
4)Formation. How do stars form? How do planets form?
5)General Relativity. Is our current understanding of General Relativity
  correct at all scales?
6)Quantum Mechanics. Is quantum mechanics the ultimate description of
  nature or will it fail?
7)Particle Physics. Mysteries of the standard model.
8)Supersymmetry. Is there low energy supersymmetry?How is it broken? What
is the spectrumof the super-particles?
9)QCD. Can we solve QCD?
10) What is String Theory?
11) What is space-time? Is space-time doomed?Can we imagine that time is
emergent?
12)Is physics a fundamental science?Are all the parameters and laws that
  characterize the physical universe calculable (in principle)
  or Are some determined by Historical or Quantum mechanical accident?
13)Kinematics & Dynamics (Quantum Field Theory & standard model)
14) New state of matter. Are there generic non-Fermi liquid behavior of
   interacting condensed matter systems which are in princle accessible
   experimentally in a routine...
15) Complexity. What is the theory of very large complex dynamics system?
16) Quantum computers. Will quantum computers be quiet or deaf?
17) Applications. Can we understand how to make a material that is
                 superconducting at room temperature and beyond?
                  Can we understnd how to make a room temperature
                  ferromagnet out of engineering elctronic material?
18) Theoretical Biology. Is there a theory of biology? Is new mathematics
      required?
19) Genomics. Can the theory of evolution be quantitative and predictive?
             Can we tell the shape of an organism by looking at its genome?
20) Consciousness. What are the principles that underlie the self-organation
                 responsible for memory and consciousness?
                   Can one measure the onset of consciousness in an infant?
                   Can one make a machine with free will?
21)Computational physics. Will computers replace analytic technique? When
   will computers become creative theoretical physicists?
22) Balkanization.
23) Reductionism.
24) The role of theory. handmaiden of experiment or its goal is to achieve a
    higher level of understanding?
25.Dangers.

寄信人: "=?GBK?B?aGFtYm9ibyhHb2QgYmxlc3MgbWUhKQ==?="
标  题: 一些生物学经典paper的PDF的link(转寄)
信  差: 北大未名站 BBS 信鸽
来  源: from smth.edu.cn (bbs.tsinghua.edu.cn [166.111.8.238])
日  期: Tue Jan 25 19:00:23 2005

发信人: McKinsey (纽约的司机驾着北京的梦), 信区: LifeScience
标  题: 一些生物学经典paper的PDF的link
发信站: BBS 水木清华站 (Sat Jan  8 11:09:59 2005), 站内

http://www.princeton.edu/~chigirev/phy_562/PHY562_biblio.htm

http://www.molbio.princeton.edu/courses/mol508/#weeks9

Hodgkin-Huxley的52年paper:
http://www.bme.jhu.edu/courses/580.439/HH1952d.pdf

寄信人: "=?GBK?B?aGFtYm9ibyhHb2QgYmxlc3MgbWUhKQ==?="
标  题: 什么是理想中的paper--Re: 博士发jbc这种级别的文章是(转寄)
信  差: 北大未名站 BBS 信鸽
来  源: from smth.edu.cn (bbs.tsinghua.edu.cn [166.111.8.238])
日  期: Tue Jan 25 19:00:03 2005

发信人: McKinsey (庆祝偏微分方程课满分/A+......), 信区: LifeScience
标  题: 什么是理想中的paper--Re: 博士发jbc这种级别的文章是不是很丢人啊?!
发信站: BBS 水木清华站 (Sat Jan  8 06:16:22 2005), 站内

我知道，你说的是下面这种文章，一片paper就可以创造一门科学，影响一个时代。

这三篇文章都是一片小小的paper就足够得一个诺贝尔奖的，这是我们的理想：
(现在觉得二战后的一二十年真是科学的春天....)

A mathematical theory of communication
CE Shannon
Bell System Technical Journal, 1948
被引用5378次

或者这篇文章：

J Physiol. 1952 Aug;117(4):500-44. Related Articles, Links 
A quantitative description of membrane current and its application to conduction and excitation in nerve.
HODGKIN AL, HUXLEY AF.

或者这篇文章：

J Physiol. 1962 Jan;160:106-54. Related Articles, Links 
Receptive fields, binocular interaction and functional architecture in the cat's visual cortex.
HUBEL DH, WIESEL TN.

发信人: birdf (从家庭教师作起吧...), 信区: Science
标  题: 论文写作的几点教训 (zz)
发信站: 北大未名站 (2005年01月11日09:05:51 星期二), 转信

发信人: RAUL (Raul Gonzalez), 信区: AdvancedEdu
标  题: 经典总结：论文接受后的几条教训(zt)
发信站: 瀚海星云 (2005年01月11日01:14:37 星期二), 站内信件

http://www.biooo.com/asp/ShowPost.asp?id=137246
主题：总结：论文接受后的几条教训

近百号人辛苦工作近三年，某项研究现在终于有了一个初步的结果。虽然此前因为各种原
因被某Top journal毙了，但修改后还是有个不算差的期刊接受（还要做小的修改，所以抱
歉我还不能对论文内容或哪个刊物说点什么）。今天终于有空停下来想想这件事，我总结
了几条教训。
A：在科学发现上，第一个做出来的是冠军，第二个做出来的什么都不是；
B: 合作研究当中最核心的问题是合作；
C: 当你追赶人们常说的海潮时，其实海潮已经过了。所以不如追求你的梦想；
D: 多学科研究的意思是指你会结交很多有意义的朋友；
E: 研究工具会不会无所谓，学就会了；
F: 头脑没有思想不无所谓，因为这就是科学本身；
G: 研究的组织工作，价值远高于研究的具体过程（公式表达为，严格意义上的Correspo
dence author >>> 严格意义上的First author）；
H: 好的实验设计不一定会成功，但失败了也有意义；
I: 臭的实验设计不一定会失败，可是成功了也没有意义；
J: 天上不会掉馅饼，只会掉困难；
K: 相信你的研究伙伴，怀疑那些不干活的人；
L: 以前成功的实验，不一定到处都能用；
M: 学习管理，至少学习管理你冰箱里保存的克隆；
N: 学会备份，别等到大火把一切烧光以后才开始啼哭；
O: 多看原始文献，少读研究综述；
P: 研究方向在实验结果里，不在研究综述的“展望”里；
Q: 结果中的原始数据也有不可信的可能，更何况是讨论；
P: 能发一流专业期刊的论文不一定能发Top Journal，反之亦然；
Q：实验交给一个可靠的人做，比交给100个不可靠的人做强胜一万倍；
R: 对会做的人，监督，对不会做的人，训练；
S: 和会想的人，讨论，和会吹的人，Byebye；
T: 相信一个人的未来要根据他的能力，相信一个人的能力要根据他的历史；
U: 做臭的研究花的精力远远超过做好的研究，做好的研究花的脑力远远超过做臭的研究；
V: 英语不行是因为问题没想清楚，语言太差没有关系总有人会帮你改；
W: 靠项目培养自已，靠合作提高自已；
X: 易者易为，难者可为(common things should be easy, advanced things should
at least be possible)；
Y: 怀疑一切；
Z: 坚持到底。
外一条：让别人去计算SCI IF，让自已去计算研究对学科的贡献(换句话说：让敌人自乱
陈脚，自已回家数钱，呵呵)

发信人: boteran (boteran), 信区: biology
标  题: “小”提质粒的“大”学问
发信站: 一塌糊涂 BBS (Sun May 30 21:57:24 2004), 本站(ytht.net)

复旦大学某教授写的有关质粒的好文，贴在这里与大家共享：

                                   从质粒抽提谈起
    碱裂解法从大肠杆菌制备质粒，是从事分子生物学研究的实验室每天都要用的常规技
术。可以我收研究生十几年了，几乎毫无例外的是我那些给人感觉什么都知道的优秀学生
却对碱法质粒抽提的原理知之甚少。追其原因，我想大概是因为《分子克隆》里面只讲实
验操作步骤，而没有对原理进行详细的论述。这是导致我的学生误入歧途的主要原因。后
来我发现其实是整个中国的相关领域的研究生水平都差不多，甚至有很多“老师”也是这
个状态。这就不得不让人感到悲哀了。
    我想这恐怕和我们的文化有点关系。中国人崇尚读书，“学而优则仕”的观念深入人
心。经常听到的是父母对他们的独苗说，你只要专心读好书就可以了。所以这读书的定义
就是将教课书上的东西记住，考试的时候能拿高分……这就是现代科学没有在中国萌发的
根本原因。如果中国文化在这一点上不发生变化，那么科学是不能在中国真正扎根的，它
只能蜕化成新的“八股学”。
    生命科学是实验科学，它讲究动手。如果实验科学只要看看书就可以了，那我想问有
那位神仙看看书就会骑自行车了？或者听听体育老师的讲解就会滑冰了？可是光动手不思
考，不就成了一个工匠？一个合格的生命科学研究者，需要在这两方面完善自己。一个杰
出的科学工作者，是一个熟知科学原理并善于应用的“艺术家”。
    每个曾经用碱法抽提过质粒的同学，希望你看本文后能有所思考，让中国的未来有希
望。
    为了方便理解，这里罗列一下碱法质粒抽提用到三种溶液：溶液I，50 mM葡萄糖 /
25 mM Tris-Cl / 10 mM EDTA，pH 8.0；溶液II，0.2 N NaOH / 1% SDS；溶液III，3
M 醋酸钾 / 2 M 醋酸。                  
让我们先来看看溶液I的作用。任何生物化学反应，首先要控制好溶液的pH，因此用适当
浓度的和适当pH值的Tris-Cl溶液，是再自然不过的了。那么50                   mM葡
萄糖是干什么的呢？说起来不可思议，加了葡萄糖后最大的好处只是悬浮后的大肠杆菌不
会快速沉积到管子的底部。因此，如果溶液I中缺了葡萄糖其实对质粒的抽提本身而言，
几乎没有任何影响。所以说溶液I中葡萄糖是可缺的。那么EDTA呢？大家知道EDTA是Ca2+
和Mg2+等二价金属离子的螯合剂，配在分子生物学试剂中的主要作用是：抑制DNase的活
性，和抑制微生物生长。在溶液I中加入高达 10 mM 的EDTA，无非就是要把大肠杆菌细胞
中的所有二价金属离子都螯合掉。如果不加EDTA，其实也没什么大不了的，只要不磨洋工
，只要是在不太长的时间里完成质粒抽提，就不用怕DNA会迅速被降解，因为最终溶解质
粒的TE缓冲液中有EDTA。如果哪天你手上正好缺了溶液I，可不可以抽提质粒呢？实话告
诉你，只要用等体积的水，或LB培养基来悬浮菌体就可以了。有一点不能忘的是，菌体一
定要悬浮均匀，不能有结块。
轮到溶液II了。这是用新鲜的0.4 N的NaOH和2％的SDS等体积混合后使用的。要新从浓
NaOH稀释制备0.4N的NaOH，无非是为了保证NaOH没有吸收空气中的CO2而减弱了碱性。很
多人不知道其实破细胞的主要是碱，而不是SDS，所以才叫碱法抽提。事实上NaOH是最佳
的溶解细胞的试剂，不管是大肠杆菌还是哺乳动物细胞，碰到了碱都会几乎在瞬间就溶解
，这是由于细胞膜发生了从bilayer（双层膜）结构向micelle（微囊）结构的相变化所导
致。用了不新鲜的0.4 N NaOH，即便是有SDS也无法有效溶解大肠杆菌（不妨可以自己试
一下），自然就难高效率抽提得到质粒。如果只用SDS当然也能抽提得到少量质粒，因为
SDS也是碱性的，只是弱了点而已。很多人对NaOH的作用误以为是为了让基因组DNA变性，
以便沉淀，这是由于没有正确理解一些书上的有关DNA变性复性的描述所导致。有人不禁
要问，既然是NaOH溶解的细胞，那为什么要加SDS呢？那是为下一步操作做的铺垫。这一
步要记住两点：第一，时间不能过长，千万不要这时候去接电话，因为在这样的碱性条件
下基因组DNA片断会慢慢断裂；第二，必须温柔混合（象对待女孩子一样），不然基因组
DNA也会断裂。基因组DNA的断裂会带来麻烦，后面我再详细说明。
每个人都知道，溶液III加入后就会有大量的沉淀，但大部分人却不明白这沉淀的本质。
最容易产生的误解是，当SDS碰到酸性后发生的沉淀。如果你这样怀疑，往1%的SDS溶液中
加如2M的醋酸溶液看看就知道不是这么回事了。大量沉淀的出现，显然与SDS的加入有关
系。如果在溶液II中不加SDS会怎样呢，也会有少量的沉淀，但量上要少得多，显然是盐
析和酸变性沉淀出来的蛋白质。既然SDS不是遇酸发生的沉淀，那会不会是遇盐发生的沉
淀呢？在1％的SDS溶液中慢慢加入5 N的NaCl，你会发现SDS在高盐浓度下是会产生沉淀的
。因此高浓度的盐导致了SDS的沉淀。但如果你加入的不是NaCl而是KCl，你会发现沉淀的
量要多的多。这其实是十二烷基硫酸钠（sodium                  dodecylsulfate）遇
到钾离子后变成了十二烷基硫酸钾（potassium dodecylsulfate,                  
PDS），而PDS是水不溶的，因此发生了沉淀。如此看来，溶液III加入后的沉淀实际上是
钾离子置换了SDS中的纳离子形成了不溶性的PDS，而高浓度的盐，使得沉淀更完全。大家
知道SDS专门喜欢和蛋白质结合，平均两个氨基酸上结合一个SDS分子，钾钠离子置换所产
生的大量沉淀自然就将绝大部分蛋白质沉淀了，让人高兴的是大肠杆菌的基因组DNA也一
起被共沉淀了。这个过程不难想象，因为基因组DNA太长了，长长的DNA自然容易被PDS给
共沉淀了，尽管SDS并不与DNA分子结合。那么2 M的醋酸又是为什么而加的呢？是为了中
和NaOH，因为长时间的碱性条件会打断DNA，所以要中和之。基因组DNA一旦发生断裂，只
要是50－100 kb大小的片断，就没有办法再被PDS共沉淀了。所以碱处理的时间要短，而
且不得激烈振荡，不然最后得到的质粒上总会有大量的基因组DNA混入，琼脂糖电泳可以
观察到一条浓浓的总DNA条带。很多人误认为是溶液III加入后基因组DNA无法快速复性就
被沉淀了，这是天大的误会，因为变性的也好复性的也好，DNA分子在中性溶液中都是溶
解的。NaOH本来是为了溶解细胞而用的，DNA分子的变性其实是个副产物，与它是不是沉
淀下来其实没有关系。溶液III加入并混合均匀后在冰上放置，目的是为了PDS沉淀更充分
一点。
不要以为PDS沉淀的形成就能将所有的蛋白质沉淀了，其实还有很多蛋白质不能被沉淀，
因此要用酚/氯仿/异戊醇进行抽提，然后进行酒精沉淀才能得到质量稳定的质粒DNA，不
然时间一长就会因为混入的DNase而发生降解。这里用25/24/1的酚/氯仿/异戊醇是有很多
道理的，这里做个全面的介绍。酚（Phenol）对蛋白质的变性作用远大于氯仿，按道理应
该用酚来最大程度将蛋白质抽提掉，但是水饱和酚的比重略比水重，碰到高浓度的盐溶液
（比如4M的异硫氰酸胍），离心后酚相会跑到上层，不利于含质粒的水相的回收；但加入
氯仿后可以增加比重，使得酚/氯仿始终在下层，方便水相的回收；还有一点，酚与水有
很大的互溶性，如果单独用酚抽提后会有大量的酚溶解到水相中，而酚会抑制很多酶反应
（比如限制性酶切反应），应此如果单独用酚抽提后一定要用氯仿抽提一次将水相中的酚
去除，而用酚/氯仿的混合液进行抽提，跑到水相中的酚则少得多，微量的酚在乙醇沉淀
时就会被除干净而不必担心酶切等反应不能正常进行。至于异戊醇的添加，其作用主要是
为了让离心后上下层的界面更加清晰，也方便了水相的回收。  
    回收后的水相含有足够多的盐，因此只要加入2倍体积的乙醇，在室温放置几分钟后
离心就可以将质粒DNA沉淀出来。这时候如果放到－20℃，时间一长反而会导致大量盐的
沉淀，这点不同于普通的DNA酒精沉淀回收，所以不要过分小心了。高浓度的盐会水合大
量的水分子，因此DNA分子之间就容易形成氢键而发生沉淀。如果感觉发生了盐的沉淀，
就用70％的乙醇多洗几次，每次在室温放置一个小时以上，并用tip将沉淀打碎，就能得
到好的样品。得到的质粒样品一般用含RNase（50 ug/ml）的TE缓冲液进行溶解，不然大
量未降解的RNA会干扰电泳结果的。琼脂糖电泳进行鉴定质粒DNA时，多数情况下你能看到
三条带，但千万不要认为你看到的是超螺旋、线性和开环这三条带。碱法抽提得到质粒样
品中不含线性DNA，不信的话你用EcoRI来线性化质粒后再进行琼脂糖电泳，就会看到线性
质粒DNA的位置与这三条带的位置不一样。其实这三条带以电泳速度的快慢而排序，分别
是超螺旋、开环和复制中间体（即没有复制完全的两个质粒连在了一起）。如果你不小心
在溶液II加入后过度振荡，会有第四条带，这条带泳动得较慢，远离这三条带，是
20-100kb的大肠杆菌基因组DNA的片断。
    非常偶然的是，有时候抽提到的质粒会有7－10条带，这是由于特殊的DNA序列导致了
不同程度的超螺旋（超螺旋的圈数不同）所致。这里暂不深究。
    想说的，终于说完了。谢谢你的耐心。留下一个思考题，为什么真核生物的基因组
DNA不能用碱法抽提？
     
      通讯地址: 上海邯郸路220号复旦大学 邮政编码：200433
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      邮件地址：whuang@fudan.edu.cn
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